Selon la dernière “enquête flash”, datée du 25 mai, le variant indien ou delta était rarement détecté et ne représentait que 0,5% des “séquences interprétables”, même si Santé Publique France notait une “tendance à l’augmentation du nombre de cas et de clusters liés à des transmissions autochtones”.

Ce mardi, le ministre de la Santé a communiqué les résultats des derniers tests de criblage effectués en laboratoire. Ces tests réalisés systématiquement depuis février 2021, suite à la progression des variants, permettent d’identifier le variant contaminant suite à un test PCR ou antigénique positif (à ne pas confondre avec le séquençage qui est utile pour identifier de nouveaux variants). Selon Olivier Véran, “2 à 4% des tests criblés en France correspondent au variant Delta, jusqu’ici connu sous le nom de variant indien – soit de 50 à 150 nouvelles contaminations par jour.”

Certes, le variant Delta reste minoritaire en France, a tenu à rassurer Olivier Véran, mais “la reprise épidémique outre-Manche doit inciter à la prudence”.

“On est train d’écraser le virus mais nous ne devons certainement pas donner prise au variant indien pour qu’il fasse repartir une nouvelle vague épidémique”, a commenté le ministre de la Santé. “L’exemple de nos voisins anglais doit nous enjoindre encore à la prudence, au courage, à la solidarité.”

En conséquence, le ministre a appelé les Français à rester vigilant, tout en rappelant le maintien pour le moment du port du masque en extérieur.

Le variant indien reste (peu) présent en France

Malgré une augmentation récente de la détection du variant Delta dans les prélèvements séquencés, “aucun élément n’indique à ce jour une circulation importante de ce lignage sur le territoire”, indique Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique du 10 juin. “Cependant, l’apparition de clusters avec transmission autochtone de ce variant indique qu’une telle transmission a commencé en France et doit conduire à la plus grande vigilance, compte-tenu de son lien avec un possible échappement vaccinal et des données en faveur d’une augmentation de sa transmissibilité par rapport aux variants de référence et au variant 20I/501Y.V1 (Alpha).”

Les résultats de l’enquête Flash #10 du 25 mai 2021 confirment :

la place toujours prédominante du variant préoccupant Alpha (ou anglais), qui représentait 87,8% des séquences interprétables.
Le variant préoccupant Beta (ou sud-africain) représentait 6% des résultats interprétables disponibles.
Les variants Gamma (ou brésilien), 20I/484K, 20I/484Q et Delta (ou indien) restaient très minoritaires (respectivement 0,4%, 0,9%, 0,4% et 0,5% des séquences interprétables).

En France, lors de la semaine 22 (première semaine de juin), les données de séquençage montrent 17 cas confirmés de variant Delta. Les cas ont été rapportés pour cinq régions : Île-de-France (8), Auvergne-Rhône-Alpes (4), Provence-Alpes-Côte d’Azur (2), Grand Est (2) et Hauts-de-France (1).

Par ailleurs, plusieurs clusters liés au variant Delta ont été rapportés : deux clusters dans deux EHPAD en Provence-Alpes-Côte d’Azur qui ont été contenus et une situation dans les Landes impliquant des clusters dans différents contextes (familiaux, entreprise et établissements scolaires), qui reflète une transmission communautaire localisée. Mais selon un communiqué de presse de l’ARS Nouvelle Aquitaine ce 7 juin, “la situation était sous contrôle”.

Le ministère de la Santé précise que “les laboratoires adressent de façon systématique pour la réalisation d’un séquençage tout résultat de test RT-PCR positif pour une personne revenant d’Inde dans les 14 derniers jours ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant d’Inde. La même procédure a été mise en place pour les personnes au retour de certains autres pays où des variants préoccupants du SARS-CoV-2 circulent de façon active (Afrique du Sud, Brésil, Chili, Argentine).”

Au Royaume-Uni, le variant indien (Delta) a pris le dessus sur le variant anglais (Alpha)

L’Angleterre a décidé ce 14 juin de décaler la dernière étape du déconfinement sur le territoire anglais de 4 semaines. Le variant Delta y est en effet devenu majoritaire, remettant l’épidémie sur une “trajectoire ascendante”, a commenté Olivier Véran ce mardi 15 juin.  Et ce alors que le pays a un “taux de couverture vaccinale supérieur au nôtre” et était “descendu très bas en terme de circulation du virus”.

Les données officielles de Public Health England publiées le 4 juin dernier, montrent que les contaminations sont en augmentation, dépassant désormais les 5 000 cas quotidiens, avec un R de nouveau supérieur à 1 (1,16). Ce variant indien pourrait être jusqu’à 60 % plus contagieux que le variant anglais (ou Alpha) et entraînerait un risque d’hospitalisation jusqu’à 2,5 fois plus élevé.

Par précaution face au variant indien du coronavirus qui progresse au Royaume-Uni, la France a décidé mercredi 26 mai de mettre en place un isolement obligatoire pour tous les voyageurs en provenance de Grande-Bretagne.

Symptômes, gravité… Que sait-on du variant indien ? 

Le variant indien B.1.617 de son nom scientifique, a été identifié en Inde dès 2020 selon l’INSACOG (Indian SARS-CoV-2 Genomic Consortia). Ce variant cumule en fait deux mutations sur la protéine Spike, raison pour laquelle on l’appelle “double mutant” : la mutation E484Q (aussi détectée chez le variant californien) et la mutation L452R (présente chez le variant brésilien). Grâce à ces mutations, ce virus parvient à mieux attaquer les cellules.

Le lignage B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 et inclut trois sous lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement sur le plan des mutations d’intérêt. C’est le B.1.617.2 (Delta), qui est classé VOC en raison de données suggérant une transmissibilité accrue par rapport aux souches de référence et un possible impact en termes d’échappement immunitaire post-vaccination (efficacité diminuée en particulier en cas de vaccination incomplète).

Celui qui est le plus fréquemment rencontré en France et en Europe ne présente pas la mutation E484Q (contrairement à ce qui avait été initialement annoncé). Il n’aurait donc pas d’impact sur la vaccination. En revanche, “ce variant pourrait être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus” en raison de la mutation L452R, indique le Conseil scientifique dans un avis publié le 24 mai.

Symptômes. Les scientifiques indiens estiment que les symptômes resteraient “classiques”. Interrogé dans Le Figaro daté du 20 avril, Anurag Agarwal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, observe que les patients se plaignent, comme d’autres avant eux, “de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaires.” En revanche, celui-ci relève que le mode de transmission serait un peu différent : “On constate qu’avec le nouveau variant, il y a moins d’infections par les surfaces.

Ce variant est-il plus grave ou plus létal ? En Inde, si la flambée épidémique semble impressionnante, c’est dans un contexte particulier, dans un pays où les gestes barrières sont plus difficiles à appliquer, avec un accès aux soins difficile et inéquitable, il n’est donc pas possible de tirer de conclusion à ce stade. “Les raisons de cette reprise épidémique sont multifactorielles et pas seulement expliquées par un nouveau variant”, indique le Conseil Scientifique, dans un avis publié le 27 avril.

Quelle différence entre “variant préoccupant” et “variant à suivre” ?

Le variant B.1.617 découvert en Inde est désormais classé comme variant “préoccupant” par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). “Il y a des informations selon lesquelles le B.1.617 est plus contagieux”, mais aussi des éléments laissant à penser qu’il présente un degré de résistance aux vaccins, et “par conséquent nous le classons en variant préoccupant”, a déclaré ce 10 mai, la docteure Maria Van Kerkhove, responsable technique de la lutte contre le Covid-19 au sein de l’OMS.

Ce classement dans la catégorie des variants “préoccupants”, signifie que son impact sur la santé publique (transmissibilité plus élevée, gravité de l’infection ou encore échappement immunitaire) est démontré. Les variants anglais, brésilien et sud-africain en font partie. Le variant indien aussi donc. Lire aussi notre article Qu’est-ce qu’un variant ?

Jusqu’à présent, il était classé “variant of interest” (VOI) ou “variants à suivre“. On classe dans cette catégorie les variants dont l’impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais dont les “caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques”, justifient ce classement. C’est le cas pour le variant breton.

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