“L’embellie se confirme”, assure Gabriel Attal, lors du point presse ce mercredi 23 juin à l’issue du Conseil des ministres. Toutefois, le gouvernement reste prudent en raison de la progression du variant Delta, qui “représente 9 à 10% des contaminations” en France.

Identifié initialement en Inde, le variant Delta est responsable d’une reprise de l’épidémie au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. Au total, 75 pays sont touchés par ce variant dans le monde.

Le variant Delta est problématique au Portugal. En effet, d’après les données disponibles sur la base Gisaid, sur les quatre dernières semaines, il représenterait 77 % des contaminations.

En Russie aussi : près de 84 % des séquences déposées ces quatre dernières semaines sur cette base collaborative correspondent au variant Delta. Ce chiffre est de 10,17 % pour les États-Unis, de 10,1 % pour l’Espagne, de 7,75 % pour l’Italie.

SOMMAIRE :

Les symptômes du variant Delta
Le variant Delta en France
Le variant delta progresse dans les Landes
Le variant Delta progresse rapidement en Ile-de-France
Au Royaume-Uni, le variant indien (Delta) a pris le dessus sur le variant anglais (Alpha)
Variant delta et vaccination

Les symptômes du variant Delta

Les scientifiques estiment que les symptômes resteraient “classiques”, semblables à un “mauvais rhume”.

Maux de tête, mal de gorge, nez qui coule… Ces symptômes bénins sont parmi les plus répandus chez les jeunes Britanniques atteints du variant du Covid-19 Delta, selon une étude britannique (Zoe Covid) qui repose sur les données recueillies -via une application participative- auprès de personnes contaminées.

“Depuis le début du mois de mai, nous avons examiné les symptômes les plus fréquents chez tous les utilisateurs de l’application, et ils ne sont pas les mêmes qu’avant, commente Tim Spector, professeur d’épidémiologie génétique au King’s College de Londres au Guardian. Désormais, le symptôme numéro un est le mal de tête… suivi par le mal de gorge, l’écoulement nasal et la fièvre.”

Contrairement à la forme classique du Covid, la toux n’apparaît pas comme un symptôme principal, de même que la perte de goût et de l’odorat. En effet, c’est le 5e symptôme notifié via l’application. Quant à l’agueusie et l’anosmie, ils ne figurent même pas dans le top 10.

Selon le professeur, la ressemblance avec le rhume peut être problématique parce que “les gens peuvent penser qu’ils n’ont qu’un simple rhume saisonnier, et à continuer à se retrouver pour faire la fête…”.

Interrogé dans Le Figaro daté du 20 avril, Anurag Agarwal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, avait également observé que les patients se plaignaient “de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaires.”

Le variant Delta en France

La proportion du variant Delta, bien que minoritaire, est en augmentation, observe Santé Publique France dans son dernier bulletin épidémiologique.

Selon le gouvernement, il représente au 23 juin 9 à 10 % des contaminations en France.

Cette estimation est obtenue à partir des tests de criblage réalisés après un test PCR ou antigénique positif. Leur intérêt ? Ils permettent de suivre la diffusion des variants, en identifiant 3 mutations surveillées : E484K, E484Q et L452R (le variant delta qui circule en France présente uniquement la mutation L452R).

Deux territoires sensibles retiennent l’attention du gouvernement :

Dans les Landes, le variant Delta représente 70% des cas positifs détectés. “Ce département est le seul où nous observons une hausse de l’épidémie. (…) Le taux d’incidence a augmenté de 10% en une semaine. 

Dans le Bas-Rhin, des clusters ont été détectés, notamment à Strasbourg.” 

En conséquence, le ministre de la Santé a appelé les Français à rester vigilant, tout en rappelant le maintien pour le moment du port du masque en extérieur.

La vaccination est plus que jamais indispensable. D’après l’expérience britannique, la vaccination est efficace à 90% contre le variant Delta après deux doses, quel que soit le vaccin. “Actuellement, 300 000 doses de vaccins sont disponibles pour les prochains jours, donc un schéma complet en deux doses est encore possible avant la mi-juillet, précise le ministère de la Santé mardi 22 juin. “A partir du moment où on a les doses, dans le contexte actuel avec la progression du variant Delta et la certitude que le vaccin est efficace, il n’y a aucune raison à ne pas se faire vacciner.”

Le variant delta progresse dans les Landes

Le  variant Delta est largement majoritaire dans le département des Landes. Sa présence représente désormais 70% des cas positifs. Ce taux étant toutefois à relativiser du fait qu’il est calculé sur un nombre de cas qui reste très faible (23 cas au 23 juin), précise l’ARS Nouvelle-Aquitaine.

Le taux d’incidence a augmenté (de près de 10% en une semaine), en particulier chez les plus de 75 ans, en raison de la survenue d’un cluster dans un EHPAD à Pontonx.

Une hausse est également observée chez les moins de 15 ans qui ont le taux d’incidence le plus élevé (103,4 / 100 000), avec un taux de dépistage élevé et stable. “Force est de constater que ce sont les contaminations dans cette classe d’âge qui sont responsables de l’augmentation globale du taux d’incidence, avec un doublement de l’incidence”, commente l’ARS.

La situation reste sous contrôle et les autres indicateurs ne montrent pas de tendance à la hausse, avec une activité aux urgences qui reste faible et le nombre de cluster en cours reste faible (4) et n’a aucun impact sur les hospitalisations.

“La situation dans les Landes est difficile, mais pas catastrophique. On a observé une reprise de l’épidémie qui dépasse le seuil de 50 cas pour 100 000 habitants et on a identifié en nombre limité, mais suffisant, la présence de ce variant delta”, a déclaré le Premier ministre ce 24 juin, à l’occasion d’un déplacement à Mont-de-Marsan avec le ministre de la Santé.

Le Premier ministre a de ce fait annoncé l’accélération de la campagne de tests dans le département ainsi que celle de la vaccination. “Nous suivrons de près l’évolution dans les prochains jours et nous verrons ensuite si des mesures doivent être prise à l’issue des sept jours. Le 1er juillet, sont prévues des levées de jauges. Si des circonstances locales le justifient, nous pourrions différer les mesures d’allègement de jauge.”

L’ARS Nouvelle-Aquitaine invite fortement toute la population, les jeunes mais également les plus fragiles (+ de 50 ans et personnes à risque), à se faire vacciner le plus rapidement possible. Actuellement, plus de 3 millions de personnes sont primo-vaccinées en région Nouvelle-Aquitaine.

L’ARS souligne que la vaccination se montre efficace avec une réduction du risque de forme grave de 70% après une injection et de plus de 90% après deux injections.

La vaccination reste donc la meilleure arme. Et cela d’autant plus qu’en Nouvelle-Aquitaine, où le virus a peu circulé, l’immunité naturelle, acquise après une infection au Covid-19, reste peu élevée et doit être compensée par une forte couverture vaccinale.

Au-delà des jeunes, 2 autres publics doivent prioritairement se faire vacciner, demande donc l’ARS :

les plus de 50 ans, plus à risque de faire des formes graves : en Nouvelle-Aquitaine 30 % ne sont pas encore vaccinés et 60% des personnes hospitalisées en réanimation dans la région au mois de juin ont plus de 60 ans,

les personnes présentant des pathologies : au plan national 36 % des personnes présentant un facteur de comorbidités ne sont pas encore vaccinées. II faut rappeler que sur le 1er semestre 2021, en Nouvelle-Aquitaine, sur les 700 cas graves de covidaccueillis en réanimation, 86 % des patients avaient au moins un facteur de comorbidité (obésité, hyper-tension artérielle, diabète, pathologie cardiaque/pulmonaire/hépatique, immunodéprimés, cancers,…..).

Le variant Delta progresse rapidement en Ile-de-France

Une étude en prépublication (non encore relue par les pairs) dévoilée ce 20 juin sur le site medRxiv, révèle -grâce à des tests de criblage effectués entre le 31 mai et le 8 juin- une croissance rapide du variant Delta dans la région Ile-de-France. L’étude, qui a été menée par l’équipe “ETE”, le CNRS et l’Université de Montpellier, conclut qu’à la mi-juin, le pourcentage de variant delta pourrait dépasser 10%.

Les chercheurs identifient plusieurs scénarios, en supposant que 75 % de la population serait complètement vaccinée à la mi-août. Le plus pessimiste se traduirait par un rebond épidémique dès septembre, avec une occupation de plus de 3 000 lits en soins critiques.

Ce mardi 22 juin, le ministère de la Santé a confirmé que le variant delta, désormais présent dans 75 pays, progresse en Europe et est responsable de la reprise au Royaume-Uni. Et souligné que la vaccination est plus que jamais indispensable. “D’après l’expérience britannique, la vaccination est efficace contre ce variant, quel que soit le vaccin. Si on veut le prendre de cours, cela se joue maintenant.” Le gouvernement a ainsi fixé un nouvel objectif : vacciner 75% des adultes (primo-injection) avant la fin août (et 65 % avec un schéma vaccinal complet).

En outre, le gouvernement mise sur le séquençage, le tracing en amont des contaminations (tracing à la japonaise) en plus du tracing classic (recherche des cas contacts).

** non relu par les pairs **

Notre analyse de la propagation du #DeltaVariant en France via criblage des mutations en E484 et L452 par #CERBA sur des échantillons du 31 mai au 8 juin est en prépublication :https://t.co/YOXVCa16HJ@cnrs @ird_fr @umontpellier @CHU_Montpellier

— ETE Fr (@ete_fr) June 20, 2021

Au Royaume-Uni, le variant indien (Delta) a pris le dessus sur le variant anglais (Alpha)

L’Angleterre a décidé ce 14 juin de décaler la dernière étape du déconfinement sur le territoire anglais de 4 semaines. Le variant Delta y est en effet devenu majoritaire (90% des contaminations), remettant l’épidémie sur une “trajectoire ascendante”, a commenté Olivier Véran ce mardi 15 juin.  Et ce alors que le pays a un “taux de couverture vaccinale supérieur au nôtre” et était “descendu très bas en terme de circulation du virus”.

Les données officielles de Public Health England publiées le 4 juin dernier, montrent que les contaminations sont en augmentation, tout particulièrement chez les jeunes, avec un R de nouveau supérieur à 1 (1,44). Ce variant indien pourrait être au moins 40 % plus contagieux que le variant anglais (ou Alpha) et entraînerait un risque d’hospitalisation jusqu’à 2,5 fois plus élevé.

Par précaution face au variant indien du coronavirus qui progresse au Royaume-Uni, la France a décidé mercredi 26 mai de mettre en place un isolement obligatoire pour tous les voyageurs en provenance de Grande-Bretagne.

Variant delta et vaccination

Le variant indien B.1.617 de son nom scientifique, a été identifié en Inde dès 2020. Ce variant cumule en fait deux mutations sur la protéine Spike, raison pour laquelle on l’appelle “double mutant” : la mutation E484Q (aussi détectée chez le variant californien) et la mutation L452R (présente chez le variant brésilien). Grâce à ces mutations, ce virus parvient à mieux attaquer les cellules. Celui qui est le plus fréquemment rencontré en France et en Europe ne présente pas la mutation E484Q.

Il inclut trois sous lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement sur le plan des mutations d’intérêt. C’est le B.1.617.2 (Delta), qui est classé “VOC” en raison de données suggérant une transmissibilité accrue par rapport aux souches de référence et un possible impact en termes d’échappement immunitaire post-vaccination (efficacité diminuée en particulier en cas de vaccination incomplète).

Le variant Delta est plus contagieux

Ce variant est associée à une augmentation de la transmissibilité du virus (au moins 50%) en raison de la mutation L452R.

Le vaccin est un peu moins efficace contre le risque de contamination par le variant Delta avec une seule dose

Selon le dernier bulletin technique de Public Health England (PHE) sur les variants préoccupants au Royaume-Uni, on serait moins bien protégé du risque d’infection par le Covid après une seule dose de vaccin : efficacité de 31% en cas d’infection par le variant Delta, versus 49 % en cas d’infection par le variant Alpha (soit une diminution de 18% de l’efficacité).

En revanche, après vaccination complète (donc deux doses), l’efficacité contre le risque de contamination au variant Delta est estimée à 80 %.  

L’efficacité vaccinale est préservée contre le risque d’hospitalisation à condition d’avoir un schéma vaccinal complet

En ce qui concerne l’efficacité du vaccin (Astra Zeneka ou Pfizer) vis-à-vis du risque d’hospitalisation en cas d’infection par le variant Delta : elle est de 75 % après une seule dose et de 94 % après deux doses. D’où l’importance de recevoir deux doses de vaccin pour obtenir la meilleure protection possible.

Sources :

Rapid spread of the SARS-CoV-2 δ variant in the area of Paris (France), 20 Juin 2021

COVID-19 : point épidémiologique du 17 juin 2021, Santé Publique France

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